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他們的研究發(fā)表在《The Journal of Molecular Diagnostics》上。他們的方法是公開(kāi)的，因此任何能夠進(jìn)行PCR測(cè)試的機(jī)構(gòu)都可以復(fù)制。

這項(xiàng)研究的首席研究員Sanjay Tyagi博士表示：“非同尋常的是，SARS-CoV-2不是一種具有可預(yù)測(cè)的臨床特征的單一感染，而是一種不斷演變的疾病，不同的毒株產(chǎn)生獨(dú)特的臨床特征進(jìn)而影響檢測(cè)、癥狀，甚至影響到哪些器官系統(tǒng)會(huì)遭到攻擊。”

識(shí)別特定的菌株可以揭示重要的信息如潛伏期的長(zhǎng)度、傳染期的長(zhǎng)度、傳播性、致病性，乃至是主要癥狀的變化。

關(guān)于菌株類型的信息一般由國(guó)際社會(huì)或少數(shù)有大量人口的國(guó)家進(jìn)行基因測(cè)序來(lái)報(bào)告。雖然識(shí)別SARS-CoV-2毒株所需的深度測(cè)序是準(zhǔn)確的，它可以識(shí)別樣本中存在的每個(gè)突變，但它成本高、速度慢且需要專門(mén)的設(shè)備。然而，對(duì)毒株類型的了解為公共衛(wèi)生專業(yè)人員、政策制定者和個(gè)人提供了重要的信息。

這項(xiàng)研究的合作者、來(lái)自美國(guó)弗吉尼亞州斯特林市ResourcePath LLC的Ashley Hill博士表示：“知道當(dāng)?shù)厣鐓^(qū)正在出現(xiàn)一種高度傳染性和危險(xiǎn)的菌株可以讓政策制定者了解情況，啟動(dòng)安全措施限制傳播。它還可以作為醫(yī)療系統(tǒng)的早期預(yù)警系統(tǒng)，而這些系統(tǒng)需要為急診室就診和ICU護(hù)理的激增做出計(jì)劃。知道哪種菌株感染了一個(gè)人還可以幫助確定哪種治療方法最有益。”

通過(guò)使用羅格斯大學(xué)設(shè)計(jì)的并已在世界各地用于多種用途的實(shí)時(shí)PCR探針，羅格斯大學(xué)設(shè)計(jì)了Rutgers-RP RT-PCR測(cè)定以檢測(cè)SARS-CoV-2的突變。這些突變已被證明可增加免疫逃逸、避免中和并增加傳播性。他們率先使用分子信標(biāo)來(lái)識(shí)別特定的基因突變。分子信標(biāo)是發(fā)夾狀的分子，其可以被設(shè)計(jì)成有選擇性地跟特定的突變體序列結(jié)合并避開(kāi)通常只有一個(gè)核苷酸差異的野生型序列。

研究人員選擇了九個(gè)突變體進(jìn)行測(cè)試，每個(gè)突變體的信標(biāo)都有不同顏色的染料。每個(gè)關(guān)注的原始變體--阿爾法、貝塔、伽馬、德?tīng)査蛫W密克戎--都有這些突變的獨(dú)特組合。當(dāng)信標(biāo)跟它的目標(biāo)分子結(jié)合時(shí)，其獨(dú)特的顏色可以被測(cè)定法檢測(cè)到。

每個(gè)信標(biāo)都被單獨(dú)測(cè)試以確認(rèn)其對(duì)指定突變的特異性。然后這些信標(biāo)被組合成一個(gè)多重檢測(cè)并通過(guò)RT-PCR對(duì)26個(gè)SARS-CoV2陽(yáng)性患者樣本進(jìn)行檢測(cè)，這些樣本之前已經(jīng)通過(guò)深度測(cè)序進(jìn)行了檢測(cè)和鑒定。兩個(gè)樣本被確定為阿爾法變體，兩個(gè)為埃普西隆變體，八個(gè)為德?tīng)査凅w。多重測(cè)定跟深層測(cè)序的結(jié)果完全一致，其靈敏度和特異性為100%。

研究人員報(bào)告稱，該檢驗(yàn)的適應(yīng)性也非常強(qiáng)。當(dāng)奧密克戎出現(xiàn)時(shí)，研究人員能在不到一個(gè)月的時(shí)間里設(shè)計(jì)出一個(gè)信標(biāo)以確定一個(gè)奧密克戎特有的、對(duì)免疫規(guī)避非常重要的突變。研究人員在先前測(cè)試過(guò)的另外33個(gè)病人樣本中的17個(gè)中確定了奧密克戎變體，結(jié)果是100%一致。

“我們開(kāi)發(fā)的追蹤和識(shí)別新變體的工具對(duì)這次大流行和今后可能出現(xiàn)的任何不可預(yù)見(jiàn)的病毒或病原體都非常有用，”研究論文的第一作者Ryan J. Dikdan說(shuō)道。

研究人員指出：“SARS-CoV-2病毒還沒(méi)有跟我們切斷聯(lián)系。我們迫切需要一個(gè)世界性的監(jiān)測(cè)系統(tǒng)以應(yīng)對(duì)不可避免的、可能更具傳染性或致命性的新出現(xiàn)的毒株。Rutgers-RP RT-PCR變體測(cè)定現(xiàn)在就可以在全世界的實(shí)驗(yàn)室廣泛部署以監(jiān)測(cè)所有已知的關(guān)注變體。該檢測(cè)方法將使用新的引物/探針組來(lái)更新每個(gè)新出現(xiàn)的重要變體。”

關(guān)鍵詞：研究人員羅格斯大學(xué) 臨床特征